熊希龄回国交差后，杨度开始为中国未来的宪政精心构思蓝图。他详细地分析了行君宪制度的几个主要国家的宪政，找出他们各自的长处。比较来看，他认为最适宜中国国情的是日本的宪政，中国的宪政应多采取日本的成法。又设想中国实施宪政应分为三个主要步骤：第一步召开国会，第二步制定宪法，第三步推行宪政。完成这三个步骤大致需要五年的时间。
正在这时，国内传来惊人的消息：五大臣启程的那天，车箱里发生爆炸事件，行刺者为安徽桐城籍革命党人吴樾。吴当场被炸死，载泽、绍英受伤，五大臣打道回府。杨度很担心考察之事因此而流产，写信给熊希龄，要他设法促使此事早日成行。两个多月后，五大臣再次启行。这次绍英不去了，以顺天府丞李盛铎代替。又因吴樾行刺一事，朝廷急建巡警部，袁世凯推荐徐世昌任该部尚书。于是徐也不去了，改以山东布政使尚其亨代替。杨度这才放了心。
不久《中国新报》正式创刊，杨度的《金铁主义》在该报上连续刊载，引起很大反响。《中国新报》办得有声有色，很快便成为与保皇党的《新民丛报》、革命党的《民报》鼎足而三的大报纸。杨度的名气更大了。到了这年十一二月间，日本留学生界里又出了一件大事。
十一月二日，日本文部省应清廷的请求，颁布了一份《取缔清国留学生规则》，限制留日学生的活动。同时，日本报纸还诋毁中国留学生“放纵卑劣”。此事激起了所有留日学生的公愤。全体留日学生团结一心，决定罢学回国。身为总会干事长的杨度认为全体罢学回国不合适，他一面以干事长的名义向日本政府递交抗议书，一面又以个人的名义与日本政府交涉，企图说服日本政府修改这个规则。
不久，留学生界领导层内部又出现了分歧。宋教仁、胡瑛、秋瑾等人成立了学生联合会，主张自办学校。以汪精卫、胡汉民为首的学生维持会主张忍辱负重，继续求学。
这时，有一个热血澎湃的青年，见分歧不能弥合，又感于国事多艰，决心以一死来唤醒国人的觉悟，遂毅然于十二月八日在东京大森湾蹈海自殉。此人就是《警世钟》《猛回头》的作者、华兴会同盟会的主要发起人之一、《民报》撰述人，三十一岁的湖南新化籍革命家陈天华。
陈天华愤然投海的事在日本在国内引起了巨大的震动，有些留学生埋怨杨度在这个事件中态度不够坚决，有人甚至扬言要杀掉他。杨庄姐弟得知后很担心，一再劝说哥哥暂时避避风潮。于是杨度离开东京城，到乡间住了两三个月，直到大家的心情都平静下来后才回到田中寓所。
转眼到了夏天，五大臣在海外游荡了七八个月，提着一箱箱装满了各式各样奇器巧具、衣料、皮鞋、首饰、香水，以及自己完全看不懂的洋文原版书报回到了上海。熊希龄再次东渡日本找到杨度。杨度的两篇文章《中国宪政大纲应吸取东西各国之长》及《实施宪政程序》，早已恭恭正正誊抄完毕。两篇文章加起来约有五万多字，博采众论，规画精详，熊希龄看了很满意。和杨度一起再去见梁启超，谁知这位梁才子根本还没动笔。杨度责备他爽约，他笑嘻嘻地说：“不要紧，二位在横滨宽住十天，我把文章赶出来，决不会比晳子的差。”
熊希龄啼笑皆非，然事已至此，再无别法，只有等他笔下出东西，但眼下如何向五大臣作交待呢？
杨度给熊希龄出了一个主意：“你请载泽领头向朝廷上个折子，说东南士民得风气之先，于立宪多有卓识，宜应趁此机会用十天半月时间召集官绅会议，并深入里巷实地考察，为立宪多做一点实务。上海十里洋场，够他们花天酒地一些日子了。如果有雅兴，还可以到苏州、杭州一带走走，半个月时间他们只会嫌少不会嫌多。朝廷也会觉得他们言之有理，定会允准。待到梁卓如的文章一出来，你就赶快乘船送到上海去。”
熊希龄只得照此办理。十天后梁启超拿出了《各国宪政之比较》，也有三万余字，洋洋洒洒，纵横自如，是一篇典型的饮冰体论文。熊希龄如获至宝，连夜乘船过日本海。
杨度期待着朝廷会按他设计的程序先召开国会，结果大失所望。慈禧太后毫无召开国会之意，却召开了一个御前会议，参加者为醇王载沣以及各位军机大臣、政务大臣、大学士，并特命直隶总督袁世凯参加。会议决定先改革官制，以廓清积弊明定责任为宗旨，待官制改定之后再议宪政事。
于是成立了一个官制编制馆，设在恭王府之朗润园，特派镇国公载泽，大学士世续、那桐、荣庆，贝子载振，大臣奎俊、铁良、张百熙、戴鸿慈、葛宝华、徐世昌、陆润庠、寿耆、袁世凯为编制大臣，又派庆王奕劻，大学士瞿鸿禨、孙家鼐总司核定。阵营庞大，规格很高，可谓郑重其事。然而议起事来却十分棘手，因为衙门的存与撤，直接关系到该衙门官员去与留的切身利益。
先议军机处。坐在主位上的庆王奕劻及大学士瞿鸿禨都是军机大臣，大家都不便开口，冷清的场面使得众位大员们都很尴尬。实在捱不下去了，左都御史张百熙首先发言打破僵局，说军机处乃雍正爷由内阁中分设，取其接近内廷，每日入值，承旨办事较为密速，相承至今尚无流弊，自毋庸改变。张百熙刚一说完，载泽、世续、那桐等人都表示同意，众人不好再说什么了。奕劻的儿子载振于是建议，改革官制有许多事要办，军机处不如暂不议，先议别的。众人也只好同意。
再议内务府。内务府大臣世续端坐不语，众人大眼看小眼，也不说话。大学士那桐说，内务府管的是大内事务，外官不清楚，不好议。于是内务府也不议。理藩院尚书寿耆说，内务府既然不议，太监事也不能议，因为它牵涉到老佛爷和各位太妃、皇后、皇妃，臣子们岂能插嘴，此事宜由老佛爷来定。众大员一致同意。
工部尚书陆润庠说，内务、太监既不议，则还有一事不能议。大家问何事。陆润庠说，八旗牵连到所有的王公贵族，事关重大，弄不好得罪元老勋旧，老佛爷也会头痛。众人都说是。于是八旗亦不议。
状元出身的孙家鼐说，翰林院设于顺治元年，二百多年来沿袭不改，向为储才养望之地，更为大学士出身之所，为天下士人所仰慕，若撤了翰林院，会使士人寒心失意。翰林出身的瞿鸿禨、张百熙、徐世昌、陆润庠等立刻拥护。翰林院遂亦不议。
就这样议了十来天，除了五不议外，什么名堂都没议出来。企图有番作为的袁世凯、徐世昌很着急，担心如此议下去会一事无成。他们寻思，必须有人提出一套较为系统的改革方案，才可能扭转会议的散漫习气。这天晚上，袁世凯邀请徐世昌、戴鸿慈、张百熙、葛宝华等人到自己的寓所商议。大家议出了一套初步方案。
次日会上，袁世凯先发言。他以一种带兵统帅的威严果断，一扫十天来的懒怠、松懈、客套、虚伪之风，开门见山地提出他的中央官制改革的设想，拟设军机处和十一个部。其中外务部、学部、吏部依旧，巡警部改为民政部，户部改为度支部，原财政部并入该部，原太常、光禄、鸿胪三寺并入礼部，原兵部改为陆军部，将练兵处、太仆寺并入该部，刑部改为法部，工部并入商部，改为农工商部，新设邮传部，专司轮船铁路电信邮政，理藩院改为理藩部。
大家议了一番，也提不出多大意见。有人建议将大理寺改为大理院，也通过了。
关键是官员的安排。袁世凯提出每部设尚书一员，侍郎两员，不分满汉。眼下这个时候再分满汉畛域，显然违背时代潮流，没有人敢发表反对意见。慈禧不愿意将满人的权利拱手让给汉人，她正要借不分畛域之机多安排满员，遂表示同意。
中央官制定了后，以铁良为代表的满人强硬派欲趁此机会削掉汉人的权力，鉴于各省督抚自湘淮军兴起后汉多满少的现状，力主削减督抚之权。身为直隶总督的袁世凯竭力反对。争争吵吵议不出个结果，最后不了了之。
清政府改革官制的举措遭到日本及西方各国的冷嘲热讽。革命党人坚信必须把这个不可救药的朝廷推翻掉，否则中国不可能有出路。
这个时候，最富有斗争传统的湖南又出现了有利于革命暴动的大好时机。
入夏以来，整个长江中下游地区阴雨连绵，洪水暴涨，尤以湖南遭受洪灾最为严重。湘中湘北一带一片汪洋泽国，淹死者三四万，灾及者四十多万，灾情之重，为有清二百余年来所仅见。地方官绅不但不赈灾，反而乘机哄抬粮价，囤积居奇，至使抢米风潮此伏彼起。积压在贫苦人民心中的怒火，已是一触即发了。
五月下旬，陈天华的遗体运到了长沙，同时运来的还有另一位湘籍青年志士姚宏业的遗体。二十多天前，他因愤于反动官绅阻挠筹办中国公学，在上海投黄浦江而死。两具烈士的遗体在素来重意气敬英灵的长沙古城引起了轩然大波，在省商会会长禹之谟的领导下，长沙阖城学生穿制服行丧礼，万余人整队送至岳麓山安葬，场面至为悲壮感人。
湖南官场一片惊骇，对禹之谟恨之入骨。一个月后，禹之谟参与湘乡学界反对盐捐浮收的风潮，湖南巡抚下令将禹之谟逮捕入狱。清政府与人民为敌的面目充分暴露了。去年马福益因再次筹备起义被官府逮捕杀害，早就想为大龙头报仇的哥老会众，图谋借此人心浮动的时候重举义旗。所有这些情况，为远在东京而密切注视湘省动态的黄兴、刘揆一等人所掌握。两人计议后，派刘道一回国联络会党并策划湖南新军一起行动。
刘道一回到湖南后，很快与哥老会头目龚春台和华兴会成员姜守旦联系上了，约定于旧历十二月底衙门封印时举事。不料，起义前夕，龚、姜之间出现分歧，互不买帐。龚自号“中华民国革命军南军先锋队都督”，姜自号“新中华大帝国光复军都督”。刘道一运动新军一事，也未取得效果。
十一月上旬，龚、姜先后提前起义。义军声势浩大，战事顺利，很快占领了萍乡、浏阳、醴陵交界的几处重要集镇。消息传到东京，同盟会本部的领导人都很激动，动员骨干迅速回国支援。就在这批人陆续回国的时候，起义失败了，刘道一惨遭杀害。同盟会的革命家们悲愤已极，刘揆一更是愤不欲生。他痛定思痛，和泪写了八首哭弟诗，一并在《民报》上发表。兄弟情、战友义尽溢于篇中，人人读之皆怆然涕下。孙中山、黄兴等人也纷纷写诗挽悼。
杨度也接到家乡来信。信上还说，正在长沙周氏家塾读书的道一夫人曹庄，闻丈夫遇害后也自缢身亡。杨度读后唏嘘不已。他虽然不赞成革命暴动，但敬重刘道一为国献身的伟大精神，也深为其夫人殉夫殉国的义举所感动。他不顾《中国新报》不谈革命、只言立宪的办报宗旨，毅然在头版刊登了他自己写的挽诗，以表达对故人的悼念：
谁识捐躯士，温然孝友身。弟兄同许国，夫妇并成仁。
碧血遗千古，丹心照百伦。至今时事亟，黾勉后来人。
不少革命党人原来对《中国新报》在革命与保皇之间所持的中庸态度不满，看了这首诗后，觉得杨度还是自己的同志。
在回国声援这次萍浏醴起义的同盟会会员中有两个特殊的人物，他们是孙毓筠和胡瑛。离开东京之前，孙中山在牛込区寓所宴请他们，指示孙毓筠去南京运动江苏新军，胡瑛去武汉策动日知会。
孙毓筠现正担任同盟会总部庶务总干事。这个职务在同盟会初成立的时候为黄兴所任，其地位仅次于总理孙中山，在总理离职时可代行其职权。黄兴在年初离开日本去香港、新加坡一带，与当地同盟会支会商议在中国南部起义的事，于是庶务总干事一职便由原任评议部评议员的孙毓筠担任。
孙毓筠乃安徽寿州人。其先世为山东济宁州人，因荒年逃难来到寿州城外，见当地有一棵出奇高大的柳树，认定此地风水好，可发后人，便在此定居下来，将此地取名为大柳树村。孙姓逃荒者有两个儿子，他叫长子学做生意，叫次子读书。心里盘算着无论是发财还是做官，他家里都沾得上。
大柳树村的风水果然被相中了。长房以贩布起家，传到第三代便家道殷富，买了上百亩好田。二房代代读书，到了第四代，出了一个三年一遇的天下第一人，他就是状元出身的现任大学士孙家鼐，人称寿州相国，把个孙氏家族引进了清华高贵的门第圈。
孙毓筠是长房的第六代。他见族叔祖位高望重，十分羡慕，乃发奋读书，十八岁考中秀才。考了一次举人未中，孙毓筠便不耐烦再熬光阴，反正家里有的是钱，就纳资捐了个同知，有了个从四品的官衔。他还不甘心，又加码捐了个正四品道员。他寻思着只要哪里有缺，再送上二三千两银子，便是一个八面威风的现任道台大人了。久候无缺，他又在家里迷上了佛经。一部《楞严》《圆觉》迷得他如醉如痴，想起尘世的千般烦恼万种辛苦，他几次要披发入山做和尚。老母娇妻苦苦哀求，才不得不打消这个念头。
去年吴樾谋炸五大臣、杀身成仁的壮举赢得许多血气方刚的青年的称赞，人们视之为当代的荆轲、聂政。吴樾人虽死去，名声却播于九州。孙毓筠尽管是富家子弟，养尊处优，但社会的弊端，朝廷的腐败，他也看得很清楚。从吴樾虽死犹荣的舆论中，他看出革命是顺人心合潮流的正义行为，于是决定屏弃做满人官僚、释氏门徒的想法，一心一意去走革命之路。
孙毓筠一旦下了决心，便采取断然的行动。他变卖家里的良田，在寿州办起了一座小学校，聘请老师向学生进行民主革命的教育。他生性挥金如土，从家里掏出大量银钱支援附近境遇困难的反清志士，从而结识了大批朋友。他又要妻子汪珏带两个儿子到日本求学。今年三月他自己也来到东京，参加了同盟会，并捐款十万银元充作革命经费。孙毓筠对革命的热情，赢得了孙中山及同盟会其他领导人的尊重，大家都推举他为庶务总干事。
孙毓筠到南京后便设法与新军取得联系。当时江苏新军的番号为第九镇，里面有许多革命志士在活动，也有不少士兵和下级军官同情革命。孙毓筠见第九镇基础很好，放松了警惕，很快便暴露了身分，被官府抓了起来。
孙毓筠抱着一死成仁的心愿等待官府对他的审讯判决。但奇怪的是，官府却对他的待遇很好，将他安置在南京城内一个花园别墅里，身边还有两个人招呼。每天好酒好菜地送上来，还有一间书房供他读书写字，一切都不亚于寿州家里的贵公子生活。唯一不同之处，就是院墙外有人持枪守卫着，他不得迈出大门一步。孙毓筠好生奇怪，但从不问身边的人，每天看书写字喝酒吃肉，心里既不多想，便也活得安闲自在。
这样地过了将近一个月，孙毓筠成仁之念逐渐削弱，对生命对妻儿的眷恋日益强烈，然而他却不愿以自首来换取自由，他认为那是可耻的行为。他也猜想，这种非同一般的待遇中必有一个究竟，院墙之外或许正在进行着某种不平常的活动。
是的，孙毓筠的分析没有错。他的卷宗由南京巡防营呈送到两江总督衙门时，因出国考察宪政有功，刚从湘抚任上擢升为江督的端方便亲自审阅。
端方字午桥，是一个精于宦术的满洲正白旗人。庚子年，慈禧逃难到西安，那时他正做着陕西巡抚。他看准时机，对难境中的慈禧百计逢迎讨好，亲率军队日夜拱卫在她的身边。端方的忠诚赢得了慈禧的欢心，从此成了慈禧的亲信。出国、擢升，便都是慈禧后来对他的酬谢。
鉴于革命党排满行动得到汉人普遍支持的现实，考察回国之后，他给慈禧上了一道请平满汉畛域的密折，建议改定官制，除满汉缺分名目，撤各省旗人驻防，以示朝廷放心汉人；废止满汉不通婚的规定，允许满汉自由联姻，融合满汉为一家，使革命党无机可乘。他的这道密折，得到慈禧的默认。他尽力做到与汉大员保持较为友好的关系，并看出袁世凯是汉大员中最出类拔萃的人物，日后前途无量，便与袁私下订了婚姻，将长女许配给袁的第五子克权，一旦满汉不通婚之规定废止，便将女儿送进袁府。袁世凯自然也巴不得结下这门亲事，满口答应。
打开卷宗，孙毓筠的寿州籍贯，立即引起了端方的警觉：孙家鼐也是寿州人，此孙与彼孙是否为一家？他拍了一封电报给孙家鼐，问孙毓筠是否华族？回电很快到了南京，然则答非所问：“此子顽劣异常，请严加管束。”
端方拿着这封电报仔细推敲：“此子顽劣异常”这句话，显然是长辈指责晚辈的口气，无异承认了他们之间的同一家族的关系。“请严加管束”这一句貌似严厉，实际是叫他网开一面。因为对于煽动军队造反的革命党，早已超出了“管束”的范围，应判处杀头的极刑。到底是状元，电文回得既意思明白，又不落把柄，端方很是佩服，他要借此案来取悦这位汉员中的大老。
就在这个时候，东京同盟会总部也在积极设法营救孙毓筠。有人提出，杨度为五大臣出国考察写禀报，端方为五大臣之一，他与杨度一定有往来。杨度既然能够在《中国新报》上发表悼念刘道一的挽诗，也一定会愿意请端方赦免孙毓筠。
孙毓筠离开东京后接替其庶务总干事一职的是宋教仁。黄马起义失败后，宋教仁从武汉逃到上海，在去日本的船上结识了杨度。宋教仁长相英俊，谈吐倜傥，二人在船上一见如故。于是宋教仁来找杨度，请他帮忙，并指出孙毓筠与孙家鼐的关系。杨度一口答应。
其实，杨度与端方毫无私交可言。原定的五大臣，他仅与徐世昌有过一面之识，后来徐并没有出国，真正出国考察宪政的五个大臣，杨度一个也不认识。杨度之所以答应给端方写信求情，有几层考虑。
一来同盟会乃是由于他介绍孙黄相识后的产物，东京总部的主要领导人都是他的好朋友，他对同盟会有感情。二来宋教仁亲来求他。杨度的性格，凡别人有急难之事来求他，不管自己有没有能力帮得了忙，总是先一口答应下来，再想办法。何况孙毓筠毁家办学兴教育，就凭这一点，杨度看定孙是一个胸襟不俗的人，他也乐意倾力相助。三来他要以此检验端方对他的态度，买不买他的人情，由端方的态度可以推测到其他四位出国大臣对他的态度，甚至还可以推测到整个清廷对他的重视程度。四则大学士孙家鼐是孙毓筠的族叔祖，这是一个可以利用的关系，且送一分情谊给他，日后保不了有可用之处。
杨度提笔作书，不谈孙毓筠加入同盟会的事，也回避他此番回国的目的，大谈特谈孙卖田产办小学的事，称赞他是响应朝廷废科举办学堂的号召，是爱国爱民的表现，且本人出身世家，学问优长，乃国家有用的人才。信的末尾说：
午帅自泰西归来，数上奏疏，恳请朝廷早日立宪，声望日隆，国人及海外留学生甚至有伊藤、坂垣之比。且午帅素惜人才，以识才护才为己任，向为士人所景仰。孙毓筠行事或有所孟浪，然心则在救亡图存。望午帅怜其年轻不更世事，宽免其罪，为孙氏留一顶门之柱，为国家存一可用之才。
端方接到这封信后很是高兴。杨度的才学他早已知道，见这个有学问的宪政专家将他视为伊藤、坂垣式的人物，便也就以这两位东洋名相自许，企图通过杨度和孙毓筠与海外留学生搭上联系，网罗其中的人才，组建自己的班底，日后好干一番大业。
端方怀着这种心思，亲笔给杨度回了封信：“孙生文理通顺，门第清华，当秉高谊，求入于轻。”
正因为有如此复杂的外间交易，孙毓筠才得以舒适地生活在小院落里，而这种舒适的生活，又正是端方软化孙的斗志的一个重要手段。
这天午后，孙毓筠午睡刚起，一个五十来岁的中年人，满面春风地走了进来，对他说：“小贵，你不认识我了吧，我是你的乡亲杜宗路呀！”
孙毓筠疑惑地看着来人，一口道地的寿州话是不错，但面孔却陌生得很，名字也未听说过，最奇怪的是，他怎么知道我的乳名？孙摇了摇头。
杜宗路在他身边坐下来，依旧笑着说：“小贵，你自然不会认识我了。我离开寿州那年到过你家，你还只有七岁，一晃二十年过去了。我昨天从苏北回南京，听说午帅软禁的是你，大吃一惊。你虽然长成大人了，但五官轮廓还是跟小时候一个样，我一眼就认出来了。”
杜宗路滔滔不绝地讲着，孙毓筠的脑子里却总想不起这个人来：“你认识家父？”
“岂只是识得，我们还是很要好的朋友哩！令尊比我大八岁，我一直把他当兄长看待。说句不好意思的话，我手里缺钱的时候，令尊大人还常常周济我，我至今仍然很感激他。”
孙毓筠的父亲为人慷慨，亲友们在银钱上凡有所求，都肯帮助，这个性格也传给了儿子。孙毓筠见他说得真切，相信他是父亲的朋友，说：“这样说来，我该叫你杜叔了。”
“不敢当！”杜宗路说，“我行三，你就叫我杜三吧！”
“那怎么行！”孙敏筠说，“杜三叔，你现在哪里供职？”
杜宗路也不再客气了，笑着答：“因为乡试落第，我离开了寿州，经人介绍到祁门县衙门学做师爷，以后又去绩溪、青阳做师爷，做了十来年，不甚得意。后来听说午帅是满洲三才子之一，最爱才，于是就去投奔他。那时午帅还在直隶做道台。我办的第一件公文就得到午帅的赏识，从那以后跟了午帅已十年。每有机会，他都保举我，我现在已是五品衔的候补知府了。”
孙毓筠笑着说：“师爷做到这个位置也真不低了。”
“这全靠午帅的恩典。”杜老三说，“孙少爷，你何苦放着富贵公子不做，却硬要往枉死城里钻？这次幸好遇到怜才的端午帅，若碰到别人手里，早已没命了。”
孙毓筠已明白了，这个杜老三是端方派来的说客。假若这个说客是一个月前来的话，他会毫不客气地轰之出门。但现在，一种强烈的对生的渴望，促使他欢迎说客的到来。孙毓筠并不是一个卑污的小人，他不愿为活命而当叛徒。这些天来，他在心里盘算过，最好是既能走出囚室，同时又不失气节，只是他一时想不出一个好主意。
“我并不是一心要钻枉死城，因为国家弊病太多了，非要有人起来动员大家革除这些弊病不可！”
“孙少爷，你是一个忧国忧民的青年，我很敬佩你。我们这个国家的确弊病很多，要革除。”杜老三态度十分诚恳。“现在朝廷也看出了这个问题，从太后到令叔祖孙中堂到袁帅、午帅都在力求设法革除国家的弊病。午帅很欣赏你的志向，却为你所选择的方式而遗憾。”
孙毓筠不做声，静静地听着。杜三知他的心思在动，继续劝道：“孙少爷，午帅有心要保全你，他不能当面跟你谈，特为叫我来给你通个消息，只要你承认所主张的是政治革命而不是种族革命，午帅就会向朝廷奏请宽免你。”
孙敏筠说：“杜三叔，你可能不知道，政治革命、种族革命我都主张。在两种革命的次序上，我认为只有先进行种族革命，即推翻满洲人的朝廷，然后再进行政治革命。”
“小贵呀，你叫我杜三叔，我不敢当，但我毕竟比你痴长二十多岁，我今天以兄长的身分开导你，请你听我几句。”杜三轻轻拍着孙毓筠的肩膀，以一种亲切的父执态度说，“你是汉人，我也是汉人，你要从满人的手里光复汉人的政权，我何尝不理解？不瞒你说，二十多年前，我和令尊大人在寿州老家就经常谈满汉之间的问题，也谈曾国藩、左宗棠等人是不是汉奸的问题。满汉之间的民族冲突，从满人入关以来就一直存在着。二百多年来，汉人中的不少杰出人物，远的不说，近世如林则徐，如陶澍，他们都忠心耿耿地为满人的朝廷办事，又如令叔祖寿州相国也是朝廷的干臣，难道他们都是追求富贵而忘记了祖宗的叛臣孽子吗？不是的！小贵呀你还年轻，还不太懂世事，大哥我明年就五十岁了，见的事多了。大哥我对你说句实心话，皇帝由哪个民族的人做不是主要的，关键是要政治清明。满人中的康熙、乾隆，比起历代汉人中那些英明君主来说都不逊色，而汉人中的隋炀帝、明武宗也决不会比同治帝、光绪帝高明。既然满人朝廷愿意立宪，我们为何不促使它一起把这件事办好，非要进行种族革命把它推翻呢？小贵，你想没想过，一旦行种族革命，双方必定是大开战争，遭殃受罪的还不是老百姓吗？”
孙毓筠的反满革命思想本不十分坚定，听了杜三这番话，也觉得有道理，口里没做声，头不自觉地点了几下。杜三高兴，继续说：“你知道吗，你的朋友杨度特为从东京写信给午帅，请午帅宽免你。”
孙毓筠在东京久闻杨度大名，但从未见过面，更无交往，谈不上朋友。不料杨度此时从万里之外致书端方，孙毓筠对杨度顿生感激之情，觉得杨度真正是个好人，难怪能在东京留学生界中有很高的威信。
“午帅说，像杨度这样的人才确确实实是为国为民着想的人。他只谈政治革命，不谈种族革命，他对天下大势的看法可以称得上真知灼见。午帅希望你不要辜负了好友的一番厚意。”
杨度致书说情一事给孙毓筠很大的震动。他对杜三说：“杜三叔，你去告诉端中丞，我要好好想想。”
“是要好好想想，什么时候想通了，就告诉大哥我一声，大哥一定替你帮忙。”
杜三说完出了门。
孙毓筠在舒适的小院落里整整想了一天一夜，他想了很多很多。
假若这次策划新军成功，起义发动了，把个南京城闹得天翻地覆，自己或战死或被捉杀头都值得，因为那将作为一个壮烈牺牲的暴动领袖而播于人口。而现在事情未成，就这样悄没声息地被处死，那就太不值得了。若能活下去，就应该力争活下去，政治革命也罢，种族革命也罢，总之都是革命。放弃种族革命而不放弃政治革命，也不能算背弃革命，因而也就不能算叛徒。既不变节，又能得宽免，为什么不干呢？再说，杜三的话也不无道理，并不一定非要行种族革命不可，政治革命或许才是中国真正的出路。今后出去了，一定要去拜见杨度，当面请教救中国的道理。想到这里，孙毓筠终于拿定了主意，他要身边侍候的人向端方禀告愿写供词。端方见杜三游说成功，立即派人送来一套名贵的文房四宝以示关怀。
孙毓筠花了十来天时间把自己这些年来的思想作了一番清理，写了一份长长的供词。他先叙述自己的家世，然后写由科举功名转向佛学研究，再由佛学研究转向种族革命，继而终于明白了政治革命才是救国的正确选择。最后他向端方建言，以改良政治来达到富国强兵的政治革命派，固然大有人在，而以推翻满人政权实行种族革命的人士也不少，为朝廷计，为午帅计，对行种族革命的人不宜株连太甚，否则将激起更大的反抗。宽赦革命党人，才是消弭祸变的办法。为了让朝廷和端方更加放心，他在供词的结尾部分表示，此番获释后，他将披发入山重新研究佛学，妻儿财产既无所恋，世事纷争亦不再与闻。
端方依照这份供词向朝廷报告，鉴于孙犯已改变立场，宜从轻处罚，判囚禁五年。实际上，端方在总督衙门后花园里收拾一间小房子，将孙毓筠安置在这里读书。杜三告诉孙毓筠，应将端午帅有意保全的良苦用心告诉族叔祖。于是孙毓筠写信给孙家鼐，详告一切。同时又给杨度写了一封信，向他致以谢意，并表示出去后一定拜他为师钻研宪政。而此时的杨度，正面临着生命航程中的又一次重大转变。
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