1939年10月，陈诚由第九战区司令长官改兼第六战区司令长官。第六战区长官部设在湖北鄂西重镇恩施，任务是防止日军在占领武汉三镇以后，进一步进攻湘西，向川东逼近，因而陈诚负有拱卫重庆政府的重任。
1939年，中国抗战的形势非常严峻。国民党上层人物中的悲观、失败主义情绪十分严重，汪精卫、陈公博、周佛海等亲日派头子公然叛逃投敌。出于对抗战前途的忧虑，第六战区司令长官部的一批青年军官认为中国所以在抗日战事中一败如斯，主要是国民党上层统治集团中有一批贪官污吏、昏庸腐朽的官僚以及亲日降日的军政大员把蒋介石包围，使蒋介石的主张不能贯彻始终。
在这些少壮派看来，倘若要使中国得救，必须进行一次军事行动，把蒋介石身边的那些昏庸腐朽的人物清除出去，使真正抗日爱国和廉洁踏实肯干的精英人材进入高层领导，辅佐蒋介石领导抗战和治理国家。
某种程度上，这些青年军官把陈诚作为理想的辅佐领袖的人材。这次密谋就是“清君侧”计划。这些青年军官深知自己的力量有限，不足以成大事。于是，他们一方面利用部分青年军官进入陆军大学深造的机会，进一步在陆大中寻找知音，以扩张力量；一方面积极与在华帮助中国军队训练的美国军官进行联系，寻求外力的支持。
美国朝野上下也有许多人谴责国民党政府的贪污腐败和无能现象。到后来，美国总统罗斯福的信心也产生了动摇。1943年的开罗会议期间，他直截了当地问驻华美军司令官、同盟国中国战区参谋长史迪威：“你认为蒋介石能支持多久？”
史迪威回答：“如果日军再发动一次1942年那样的夏季攻势，蒋介石就会垮台。”
罗斯福又问：“那么，我们是否应该寻找另外某个人或几个人来支撑局面？”
史迪威表示：“这样的人选很可能都要投靠我们。”
出于美国对蒋政权的失望和“换马”动机，一部分驻华美军人员以及美国战略情报局的特务对中国一些青年军官的“清君侧”的密谋活动逐渐引起重视，并在暗中给予必要的支持。但是，以史迪威为首的美国人不只是要清除何应钦等亲日派将领和政客，而且要彻底倒蒋，建立一个由陈诚、薛岳、胡宗南等青年将领领导的政权。
“清君侧”计划很快被军统人员截获，送到戴笠手上。无疑，这是一份重大的情报，就是撇开戴笠和陈诚的私仇不说，这也是一个极重大的案件。
但是，戴笠经过一番缜密的考虑，决定暂不打草惊蛇，只是由军统组织和特检处加强对六战区长官部及陆大内这批青年军官的监视，以搜集新的证据。
戴笠的考虑是：
其一，军统对这批人的“政变”计划没有完全了解，难以窥视全貌；
其二，这批“政变”分子的中坚只是一些参谋幕僚人员，并不是带兵官，并且主要矛头不是指向蒋介石，可以用一段时间静候他们的发展变化；
其三，也是最重要的一点，目前尚不清楚陈诚有没有牵连在内，在没有抓住陈诚的把柄时，过早出击，会给陈诚以脱身之机，反而功亏一篑。
“清君侧”的密谋活动仍在秘密进行，但是他们的组织工作似乎相当严密，在相当长的一段时间内，特务们并没有搞到更多的情报和证据。然而，戴笠也不急躁，他知道有些事情是需要耐心和时间的。
果然，进入1943年，情况有了转机。
1943年2月，蒋介石命令成立“中国远征军司令长官部”，调心腹陈诚任远征军司令长官。
陈诚就任远征军司令长官后，第六战区仍由他负责，只是由他向蒋推荐调孙连仲暂代。同时，陈诚又从六战区司令长官部带了一大批人员到楚雄组建远征军司令长官部。这样，一批策划“政变”的青年军官开始渗透进远征军司令长官部，并在这里继续进行计划并组织实施。在不长的时间里，青年军官们已经拟定了“政变”的组织章程、行动计划，并决定将行动时间定在“西安事变”7周年纪念日——1943年12月12日举行，这的确是意味深长的。
但是，这批青年军官忽视了一个重要问题。原先，六战区司令长官部偏处鄂西一隅，交通闭塞，军统势力难以渗入。而远征军司令长官部距昆明仅100多公里，云南是军统力量经营多年的地方，人员集中，势力雄厚，况军统对策划“政变”的青年军官早有监视，因此，军统云南站很快将青年军官们的“政变”组织章程、行动计划以及行动日期搞到手。特别是戴笠查清了在这批青年军官中有一名与陈诚关系密切的亲戚。
这时戴笠认为，打击陈诚的时间到了。一方面他当时已与胡宗南、汤恩伯联盟，自己的实力大大增强，而陈诚是“三王”集团的主要政敌，必须首先给予打击。另一方面距离这批青年军人发动“政变”的时间越来越近，必须先下手为强，否则一旦贻误时机，将遗患无穷。
于是，戴笠带着这一案件的全部案卷，亲自向蒋面报，并在暗中透风给何应钦，要他注意提高警惕，以防有人对他有不利举动等等。
蒋介石闻报后，立即批准了戴笠的行动计划，并给陈诚下令，立即将远东军司令部内所有参加“政变”密谋活动的青年军官交给军统审讯。戴笠同时下令将六战区司令长官部和陆大内参预活动的学生进行逮捕，被秘密分开囚禁在中美所内的警卫大队部。其先后逮捕的人数累计600人左右。
戴笠对被逮捕的首要分子亲自进行审讯，要他们供出“政变”密谋活动是得到陈诚的支持。但审来审去，始终没有结果。但多少弄清了以史迪威为首的美国人在暗中支持了这批青年军官的活动。蒋介石闻报极为震怒。当时，蒋介石和史迪威之间的矛盾本已十分激烈，现加上这一个背景，蒋介石再也不能容忍了。
蒋介石不惜冒得罪美国政府的危险，正式通知罗斯福总统，要求解除史迪威的职务，调史迪威回国。后来，经过东南亚盟军司令蒙巴顿将军和美国空军补给司令萨摩维尔中将出面斡旋，并由与美国关系很深的宋美龄、宋霭龄等人施加压力，同时考虑到罗斯福正在不顾邱吉尔的反对，邀蒋参加开罗首脑会议，蒋终于同意由史迪威于1943年10月17日到蒋官邸当面向蒋道歉，这场风波才算过去。
蒋介石虽然宠爱陈诚，并且相信陈诚不会介入这次“政变”活动，但是他作为第六战区及中国远征军的司令长官，不能推卸责任。加之戴笠、何应钦等反对陈诚的军政大员不断向蒋施加压力，蒋介石不得已于11月份临去开罗参加中、美、英三国首脑会议之前，决定解除陈诚的中国远征军司令长官职务，对外则由陈诚以养病为由，主动请辞职务作为借口，蒋另调卫立煌接任，以示对陈诚的惩戒。
蒋介石从开罗回国后，下令对16名为首的年轻军官进行秘密处决。
蒋介石认定在美国参与的这次密谋活动中，与美国政府关系历来密切的孔祥熙、宋子文、宋美龄等人不能辞其咎，甚至认为孔、宋等人多少知道一些内幕情况，而没有预先报告，因而蒋开始实施抑制打击孔、宋家族的计划。从此，孔氏家族开始在中国政坛上失势。宋子文被蒋冷落闲置了1年多时间，才重新启用。
戴笠的这一击，虽然没有能把陈诚彻底打倒，但确使陈诚锐气大减。从1943年11月至1944年6月止，陈诚经历了他一生中政治上的一个空白时期。1944年6月，国民党豫中会战失败，西北告急，蒋介石对汤恩伯、蒋鼎文等人失望之极，决定重新启用陈诚，前往汉中任第一战区司令长官。10月，陈诚又挤掉何应钦，升任军委会军政部长，再次活跃在中国政坛的中心。戴笠对蒋如此宠信陈诚，甚为不满，但也无可奈何。“特工皇帝”
1944年，军统进入全盛时期，戴笠便成了特工皇帝，说一不二，牛气冲天。
当年，军统共有内外勤709个单位、电台569座、工作人员5万余人，由军统直接领导的忠救军、别动队等庞大的特务武装还不计算在内，至于由军统控制运用的外围组织更是难以计算。
戴对这样一个局面是亦喜亦忧的，喜的是，感到军统一天天发展壮大，人财兴旺。他甚至对部下讲：“看一个人家兴旺不兴旺，只受看看吃饭的筷子就知道。如果一家人天天是那几双筷子，便可以说明不是兴旺气象。真的兴旺人家，筷子的数目是弄不清楚的。”忧的是，戴笠深感由于人员发展过快，团体过于庞大，带来了复杂的人事关系，内部人员贪污、浪费，工作不负责任，敷衍了事，骄横跋扈，胡作非为等违法乱纪的事情层出不穷。
更令戴笠难堪的是，军令部的消息居然会跑到曾家岩50号周恩来公馆里去。至于人事处始终不能拿出一份准确的局本部内勤人员花名册，供戴笠纪念周上点名用。总务处、经理处弄不清军统有多少家产。会计室在计算米贷金时，竟少算了米贷金100多万元。秘书室竟把呈送蒋介石的公文也弄错等等，为此，戴笠在军统后期的整顿和发展方面，大讲“迅速精细”。在这种原则的要求下，特务们成天提心吊胆，战战兢兢，以致戴的心腹都感叹：“长此真有成神经病的可能。长官待部下之严以及部属之畏长官，在全国恐再找不出第二个人来。”
抗战后期，戴笠几乎是以神经质的手段，对军统这座特工王国进行统治。他甚至可以以除奸演习为名，把军统大特务、重庆警察局督察处长东方白作为汉奸抓起来送进望龙门监狱，以致使军统局上下莫不感到莫名其妙，一起感到“这罪名离目标太远了”。
重庆卫戍总司令部稽查处处长廖公劭因为吃了走私贩毒商人的一次宴请，并受了贿，经人告发后，由戴笠下令将其送进望龙门监狱，关到过年的时候才被放出来。
重庆市警察局侦缉大队大队长谈荣章被人告发，由戴下令在过年前送进去。一个出来，一个进去，特务们已到了习以为常的地步，自感在戴笠手下工作“什么时候都保不住的，出来的用不着害怕，进去的用不着难过，在外面的用不着骄傲”。能如此，方可在戴笠手下工作，这就是当时许多军统大特务的心境。
总之，自毛人凤以下的大小特务，无论资格多老，职务多高，能力多强，只要是一言不合，一事不慎，被戴笠撞见或掌握，轻则是一顿训斥谩骂，重则是遭拳打脚踢，或被送进监狱，一关数月、一年。
1944年11月11日，日军在打通大陆交通线的“一号作战”中攻陷桂林。在这之前，由于军统人事处长龚仙舫、电讯处长魏大铭及总务处长未能及时将进入桂林的潜伏组派出，戴笠当即宣布给军统3个少将判处2年徒刑，勒令他们当时就回去交待工作。
宣布后，戴笠又有些懊悔，3个少将当时是军统的三大台柱，也是戴笠的得力助手，岂能一关就是2年。但是已经当面“判决”了，戴笠一时又不好改口。经过一番犹豫不决，居然给想到一个就坡下驴的办法。
第2天，戴笠又把3位少将叫去，当面宣判缓刑2年执行，另外每个处关1个副科长进去，代处长坐牢。如此自立法度、惩戒部属，真是闻所未闻。戴笠凶横霸道，作威作势，由此可见一斑。
以戴笠之威，军统上下莫不噤若寒蝉，但也有一些大特务在脱离了戴笠的掌握后，往往借机大骂戴笠一通，以发泄心中的不满。
抗战后期，戴笠下令在中美所大礼堂后面的山坡上，竖立了一块石碑，以纪念那些所谓为团体事业献身的军统“烈士”。因特务工作本属于黑幕范围，碑上当然不好刻上“立传”的文字，因此只好以“无字碑”名之，美其名曰“无名英雄碑”。
抗战初期，因招收学生军训一事被戴笠气跑的梁干乔自西安到重庆看病，出于一时兴起，慕名到中美所去看无字碑。岂知卫兵因不认识这位当年老资格的军统大特务、现在已是胡宗南手下的大红人，居然教训梁干乔要脱帽、肃静。这一下伤害了梁的自尊心，触到了梁多年来对戴笠的痛恨之处，梁立即摆出“十人团”元老、复兴社高干、特务处书记长的派头，借题发挥，指着“无字碑”大骂起来：
“既然无名，就不应该立碑。立了碑，就是唯恐人不知。又要当婊子，又要起贞节牌坊。可耻！可耻！”
这一番话很快被报告到戴笠那里，戴虽有特工帝王之尊之威，可是对梁干乔这样的人却无可奈何，只好自己解嘲说：“梁干乔是有名的梁神经，神志不清罗！”
这一次，戴笠破例连饭也没有敢请梁干乔吃。真是魔王碰到“神经”，有理也说不清。
随着抗战形势的不断好转，以及戴笠的特工权力越来越大，有一个问题总是象幽灵一样始终在戴笠脑子里徘徊，久挥不散。这就是蒋的猜忌及自己的地位前途问题。戴笠深知“鸟尽弓藏”和“权重震主”这两句话的份量，蒋必有一天要对自己下手。
1944年初，蒋决定加强对特务工作的控制，下令在原先建立的甲种汇报和乙种汇报之外，成立特务工作的年度汇报。
第一次汇报于1944年2月24日在蒋官邸举行，由蒋亲自主持。出席者有侍从室六组组长唐纵、军统局副局长戴笠、中统局副局长徐恩曾（后由叶秀峰接替）、军令部二厅厅长杨宣诚（后由郑介民接替）、国际问题研究所所长王某、中央党政军联席会议秘书长徐佛观、缉私署长宣铁吾、宪兵司令张镇等特工头目。
会议的内容是由各特工系统的头目汇报年度工作，交换各系统的情报，听取蒋对特务工作的指示等等。会议名义上是由蒋主持，但是代表蒋做主要发言的却是唐纵。
戴笠由于从唐纵处事先了解到这些会议的主要议题和蒋在这段时期内对情报工作注视的侧面，充分进行了准备，结果在会上汇报时，由于材料丰富，所谈问题又正是蒋所关心的问题，颇称蒋意，蒋也当场嘉勉几句，而对茫然不知所措的徐恩曾则申斥一番。但是，在这种会议上起真正作用和出足风头的却是唐纵。
在年度汇报之后，蒋又指示成立月度汇报。月度汇报地点设在军统局本部大院对面的漱庐。唐纵参加月度汇报是以蒋介石的代表身份出席的，因此，汇报一般由他主持，并由他先传达蒋介石对各特务系统所呈送情报的看法及应当注意的问题。戴笠只是尽地主之谊，负责召集和接待。
建立年度和月度汇报制度，这是蒋介石对特务工作加强控制的一大改进措施。在抗战以前，蒋基本上是以单线联系的方式控制和领导特务工作，特务活动完全在黑幕中进行。抗战以后，除中、军统两大特务机关外，又加强了军令部二厅、国际问题研究所、中央党政军联席会议、宪兵司令部、财政部缉私署等特工情报系统的活动，特务组织恶性膨胀，各种情报多而庞杂，蒋介石深感难以全面掌握控制，因而特设侍从室第六组加以襄助。
蒋除重要情报及重大情报仍由自己亲自掌握外，一般情报和行动，则交由第六组去综合、校核、整理、分析、指导而后上报。这就使第六组组长唐纵居于承转启合的关键地位。
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